湖泊和水库退化的主要原因：点源污染和非点源污染。具体表现在：过多的有机质等营养输入与养殖导致水体富营养化；工程措施改变水体的水文及相关的物理条件，影响水生生物的生长发育；农业、采矿、水源林破坏导致水土流失加剧，进而引起水体的沉积和淤塞；外来种的引入引起水体生物群落的退化；酸性物质的排放导致水体酸化，进而导致水生生物群落结构简化和有机质分解率下降；有毒物质污染水体。
河流退化的主要原因：筑路和建坝、疏浚、水土侵蚀、充填、河岸放牧、农业开发、工业点源污染、伐木、采矿、过度捕鱼和生活污水的排放。