使用生物质燃料面临的主要问题是腐蚀和结焦，因为在秸秆等生物燃料中含有大量的碱金属和其它矿物质，降低灰熔点。
生物质的灰熔点较低，灰的结焦性较强。因此我们要在设计生物质发电锅炉时，根据灰的熔融性来选择炉膛出口温度，对木质燃料炉膛出口烟气温度应控制在850～950℃范围内，而对于燃烧草类燃料的锅炉，炉膛出口烟气温度应控制在760℃左右。另外，锅炉设计还要考虑合适的炉膛容积，受热面的合理布置，足够的排灰能力和有效的除灰等因素。
生物质灰中含有的少量的碱金属氧化物和氯化物对锅炉的结渣和腐蚀有很大的影响。为了减少生物质燃料锅炉的腐蚀和表层的结渣，我们必须严格控制生物锅炉的运行条件，特别是燃料燃烧的控制。