种子经营者的义务主要有：
（1）种子经营者必须在领取《种子经营许可证》和《营业执照》后，方可按照指定的经营地点、经营范围、经营方式开展种子经营活动。
（2）每年到发证单位进行《种子经营许可证》的年检。种子经营者必须每年3月底以前带《种子经营许可证》正本和副本及有关材料，到发证部门进行年检，种子管理部门对《农作物种子经营许可证》的登记事项及该单位的农作物种子经营状况进行检查核对，有变动的项目及时更改，发现违背法律法规规定的及时给予纠正，对不符合种子经营条件的吊销其《种子经营许可证》。没有通过年检的，不得继续经营农作物种子。
（3）经营的农作物种子应当经过加工、分级包装、质量达到国家或地方规定的质量标准并附有种子内外标签的持证检验员签发的《农作物种子质量合格证》。
（4）种子包装标识和内外标签必须载明品种名称、品种特征特性（含栽培要点）、质量指标、数量、生产日期、销售单位等，并与包装内种子相符。
（5）经营进口农作物种子的应当附有中文说明。
（6）建立种子经营档案，载明种子来源、加工、贮藏、运输和质量检测各环节的简要说明及责任人、销售去向等内容。种子法第36条规定：“一年生农作物种子的经营档案应当保存至销售后二年，多年生农作物和林木种子经营档案的保存期限由国务院农业行政主管部门规定”。
（7）接受种子管理和工商、技术监督等部门的监督检查。
（8）不得伪造、变造、买卖、租借种子经营许可证；禁止任何单位和个人无证或者未按照许可证的规定经营种子。