首先区分是侵染性病害还是非侵染性病害：
非侵染性病害有四大特点：具独特症状，但病部无病征；田间唱大面积同时发生，无明显发病中心；病株表现症状的部位有一定规律性；若采取措施，改变发病因素和条件，植株一般可恢复健康.
若是侵染性病害，再根据以下方面进行进一步诊断
作物侵染性病害主要由真菌，原核生物，病毒，线虫和寄生性种子植物等侵染引起真菌病害：主要症状为坏死，腐烂和萎蔫，少数为畸形.后期病斑上常形成霉状物，粉状物，粒状物等病征.用挑针或刀片挑取或刮取病征，或进行切片，显微镜下可清楚看见真菌形态.若病部无子实体，则可先进行保湿培养，再作镜检
原核生物中的细菌病害：主要症状为坏死，腐烂，萎蔫和瘤肿.在田间，受害组织表面常为水渍状或油渍状；潮湿条件下病部呈现黄褐或乳白色，胶粘性，似水珠状菌脓；腐烂型病害患部常有恶臭味.细菌病害可通过徒手切片检查菌溢现象来加以验证.
原核生物中的植物菌原体病害：主要症状为变色和畸形，包括病株黄化，矮化或矮缩，枝叶丛生，叶片变小，花变叶等.植物菌原体只能通过电子显微镜观察形态
病毒病害：主要症状为花叶，黄化，矮化或矮缩，枝叶丛生等，少数为坏死斑点.一般为系统性发生，不适宜温度（常为高温）下表现隐症现象.病害通过昆虫等生物介体传播，病害的发生和流行与生物介体的行为和繁殖情况密切相关.病毒粒体需通过电子显微镜观察.
线虫病害：主要症状为植株矮小，叶片黄化，根部生长不良，局部畸形等，似缺肥症状.有的受害部位形成根结，种瘿等，可以肉眼直接观察虫体.其余的可从受害部位取样镜检.
寄生性种子植物病害：主要症状为，木本植物生长势差，落叶落花落果，迟花不实，顶枝枯死，严重的导致死亡.草本植物受害后植株矮小，黄化，严重的全株枯死.肉眼可直接观察到病原植物.常为叶片或根系退化的植物，通过吸根等与寄主植物维管束系统直接相连.、