划分功能区主要根据如下原则进行：
①环境功能与区域总体规划相匹配，保证区域或城市总体功能的发挥。
②根据地理、气候、生态特点或环境单元的自然条件划分功能区。
③根据环境的开发利用潜力划分功能区，如新经济开发区、生态绿地等；
④根据社会经济的现状。特点和未来发展趋势划分功能区，如工业区、居民区、科技开发区、教育文化区、开放经济区等；
⑤根据行政辖区划分功能区，按一定层次的行政辖区划分功能，往往不仅反映环境的地理特点，而且也反映某些经济社会特点，有其合理性，也便于管理；
⑥根据环境保护的重点和特点划分功能区，特别是一些敏感区域，可分为重点保护区。一般保护区。污染控制区和重点整治区等。