4世纪末，罗马帝国分裂后，基督教徒生活在东西两大帝国分裂的不同的社会环境中，在宗教语言、仪式和教义等诸多方面逐渐产生了分歧。东方教会在宗教思想上较多地保存了犹太教的传统，在生活方面则受希腊文化的影响较多。西方教会其宗教思想主要是受希腊罗马哲学的影响，而宗教生活则更多地接受拉丁民族和日耳曼民族的影响。这样，经过长期的发展过程，东西方教会的分歧愈来愈明显。东方教会使用希腊文传教，其宗教理论具有神秘主义的特点；西方教会使用拉丁文，宗教理论则具有世俗化和法律化的特点。在宗教和国家关系方面，东方教会受国家的控制，拜占庭皇帝被神化，成为教会的最高首脑；西方教会则形成了一个独立的教皇国，最高宗教首脑为教皇。教皇的权力不仅限于教皇国，他还利用分布在西欧各国的教会势力干涉其内政，与各国君主争夺其统治权。东西方教会最大的分歧是对教义认识的不同。西方教会的基本信条是“三位一体”，即圣父、圣子、圣灵三者是一体的，圣父生圣子，圣父和圣子共生圣灵。“三位”之间有严格的区别，不可混淆；但又是同性、同体的，彼此无大小尊卑之别，同等重要。即所谓一个上帝，三个“位格”。并认为这是神圣的奥秘，只有通过上帝的启示来信仰，而不是人的理性所能理解的。西方教会的这种“三位一体”的牵强附会的解释，自然不能令人信服。东方教会则认为，圣子（耶稣基督）是人，不是神，系由上帝所“造”，其品级低于上帝。东西方教会关于耶稣基督属性之争长期不能解决，导致双方分歧的扩大，预示着东西方教会分裂的不可避免性。
4、5世纪以后，东西方教会由于交易信仰而引发的各种宗教斗争层出不穷。8世纪至9世纪中叶，东西方教会因圣像崇拜问题展开了旷日持久的斗争，双方互相攻伐，严重对峙。11世纪，西方教会经过改革（克吕尼运动），克服了内部危机，加强了力量，在东西方教会斗争中逐渐占据上风。1053年，教皇利奥九世和君士坦丁大教长米海尔•凯鲁拉里的斗争达到白热化。凯鲁拉里写信谴责利奥九世为异端，利奥怒不可遏，立即复信，对凯鲁拉里进行反击，并宣称使徒“彼得建立的宗座（罗马主教）高于君士坦丁堡及其他一切宗座（主教），高于一切教会。因此关于礼拜仪式和信仰问题，罗马主教（教皇）的裁决高于所有人。”1054年，利奥和凯鲁拉里互相宣布开除对方教籍，从此以后，东西方教会正式分裂了。分裂后的东方教会自称为“正教”，亦称“东正教”或希腊正教；西方教会自称“公教”、“罗马公教”，亦称天主教。
教会分裂后，东西方教会逐渐形成各自的教会体制（即教阶制）。西方教会形成独立的封建神权教皇国，教皇为最高首脑，从教皇直到地方。一般神职人员形成了一整套教阶体系：主教、神父、助祭三个品位组成。主教以其职级复分为教皇、枢机主教（又称红衣主教，由教皇任命组成教皇国中央机构——罗马教廷，分掌教廷各部和一些国家重要教区的领导权）、首主教（即首席主教，为一国教会之首）、都主教（首都所在地的主教）、总主教（又称大主教，掌一省的教权）、主教（掌管教区）。神父（神甫）正式品位称司铎（司祭），协助主教管理教务，通常为一个教堂的负责人。助祭的神品为六品位，故亦称“六品”，协助主教办理一般事务，如慈善救济事宜等。
东正教无教皇和枢机主教，实行牧首制。其教阶制体系是：牧首（亦称宗主教或大主教长）、都主教（首都或重要城市的主教）、大主教（主管一个大教区）、主教（教区的负责人）、大司祭（亦称大司铎，可代替主教行大礼弥撒和主管教务）、司祭（亦称司铎，神父的正式品位之一，主持教务事宜）、辅祭（亦称助祭，辅佐司祭工作）。东正教的牧首虽有较高的地位，被各国教会尊为“全世界的圣者”，但各国教会自成体系，对君士坦丁堡没有隶属关系，他们都是独立的平行的教会。但东正教会与其所在国家的关系则不是独立的，他们奉国家君主为教会首领，教会从属于政府，这和西方的天主教会有很大的不同。