1948年“行宪国大”选出总统、副总统后，国民政府改为总统府。新政府的行政体制有较大的变化：
（1）设立国民大会国民大会为全国最高权力机关，由依法选出的国民大会代表组成，代表全国国民行使职权。其职权有：选举和罢免总统和副总统；修改立法院提出的宪法修正案。从表面上看，国民大会是按照孙中山权能分开的思想，将国家权力交还给人民。但是真正决定国家一切内政外交方针，并对这些方针的贯彻执行监督的并不是国民大会，而是国民党中央及由国民大会选出的总统蒋介石。国民大会不过是很秉承国民党中央和蒋介石的旨意，粉饰独裁专制的御用工具而已。
（2）设立总统和总统府
1948年5月蒋介石任总统后，为了所谓“行宪”，对政府机构进行了改组，取消了过去的国民政府主席和国民政府委员会，代之以总统和总统府。总统为国家元首，对外代表中华人民共和国，总统依法行使如下职权：
①统率全国陆海空军；
②宣布法律，发布命令；
③行使缔结条约及宣战，媾和之权；
④公布戒严；
⑤行使大赦、特赦、减刑及复议之权；
⑥任免文武官员；
⑦授予荣典；
⑧国家遇有天灾人祸或财政经济上有重大变故时发布紧急命令之权；
⑨解决院与院之间争执问题。
尽管总裁权力十分广泛，但依据宪法的规定，总统的权力要受产法院的限制，总统仅是礼仪上的国家元首。这是蒋介石所不能接受的。于是，行宪国大在宪法之外又制定了《动员戡乱时期临时条约》，明确规定总统在动员戡乱时期，为避免国家或人民遭遇紧急剧危难或应付财政经济上重大变故，经行政院会议决议为紧急处分，不受宪法有关条款限制。这就为总统实行独裁开了方便之门。
总统为行使职权，设总统府以代国民政府。总统府下设资政、参议若干人和国策顾问委员会、战略顾问委员会，就国家大事向总统府提出意见，并备咨询。总统府下设秘书长和参军长，协助总统处理日常事务。
（3）五院行政体制的变化
“行宪国大”后，按照宪法的规定，重新设立了五院。五院的行政体制与从前也有所变化。
行政院为最高国家行政机关。行政院长由总统提名，经立法院同意任命。原行政院向国民党中央执行委员会负责，现主要对立法院负责。立法院为国家最高立法机关。有议决法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及国家其它重要事项之权。
表面上看，立法院有较大的权威性、独立性和民主性，但实际上立法权仍操在国民党中常会和总统蒋介石手中。司法院为国家最高司法机关。掌理民事、刑事、行政诉讼的审判及公务员的惩戒等事项。考试为国家最高考试机关，掌理考试、任用、铨叙、考绩、级俸、升迁、保障、褒奖、抚恤、退休、养老等事项。监察院为国家最高监察机关，行使同意、弹劾、纠举及审计权。