1948年‘行宪国大’召开后，由于整个政治体制的变化，南京政府的行政决策体制和决策方式都发生了变化。
（1）总统处于行政决策中枢地位。从形式上看，‘宪政时期’南京政府的中央行政体制为责任内阁制，而不是美国式总统制，但宪法同时给总统独裁留下了充分的活动余地。同时，《动员戡乱时期临时条款》还赋予总统以‘不受宪法有关条款限制’的紧急处置权。
（2）行政院的决策。行政院作为国家的最高行政机关，有大量的决策活动，决策均由行政院会议作出。但是，行政院的决策多带有技术性，是为了总统或立法院提供方案和建议，供总统或立法决断。
（3）国民党对行政决策的控制。宪政时期，国民党已“还政于民”，理应不再干涉行政事务。然而，实际情况并非如此。蒋介石任总统期间，一些重大决策均可以总统名义作出，而不必以国民党中央名义出现。但1949年1月蒋介石引退后，没有总统名议的遮掩，他仍以国民党总裁的身份控制着政府的人事权、军权指挥权、财政权和行政权。