第一步，由非政府组织根据评估指标体系与评估标准进行自我评估。
第二步，评估机构收到非政府组织自我评估材料后，由工作人员进行形式上的审核，检查自我评估的材料是否齐全，举证是否充分。如有不完整或不清楚的地方，由工作人员与被评估机构沟通、补充。最后，条件许可后，可以将非政府组织自我评估报告中的部分内容挂在网上，接受公众监督。
第三步，由相关利益群众和专家组成一个综合的评估小组。
第四步，由综合评定小组对重要的、大型的非政府组织或有不良记录的非政府组织、有公众举报的非政府组织进行现场检查，也可以进行随机抽查。
第五步，将评估结果告知被评估机构，并专门渠道接受非政府组织的申诉。
第六步，发布评估结果。