工厂不能以此为由扣发王某的工资。
工厂扣发王某工资的理由有二：一是“双方签订的劳动合同中明确注明辞职要提前一个月通知单位”；二是“职工（包括试用期职工）连续15日未能到岗按旷工处罚一个月工资”。
第一点理由不能成立，道理如前，不再赘述；至于第二点理由，首先，王某是否构成旷工。王某在第一次培训后，向工厂提出辞职，并得到了工厂的批准。也就是说王某与工厂就解除双方的劳动关系已经达成了一致，王某在3天后离厂不仅符合双方的约定，也符合法律关于试用期辞职的规定，双方的劳动关系既已解除，当然不可能再有所谓的旷工一说；其次，姑且不论王某是否有旷工，即便有，扣减工资也没有法律依据。
工资对于工人就好比土地对于农民，国家对工资给予了特别的保护，对于在何种情况下可以扣工资，作了特别的规定，《工资支付暂行规定》第15条规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用”。
许多企业根据该条第4项进而将国务院于1982年发布的《企业职工奖惩条例》作为罚款的法律依据，但在2008年1月15日《企业职工奖惩条例》被废止、被《劳动法》和《劳动合同法》代替后，企业对员工违纪扣款就变得无法可依了。当然，据笔者所知，在深圳尚可。其实，企业能否对员工罚款一直就是一个热议的问题。笔者认为，罚款属于财产罚的范畴，根据《立法法》和《行政处罚法》的规定，对财产的处罚只能由法律、法规和规章设定，所以，罚款只能由国家立法机关和政府行政部门决定。企业属以营利为目的的经济组织，无权在规章制度中设定罚款条款。