按ISMC各船公司建立起来的SMS，毕竟是一种较为西化的东西，因而，对大多数中国的船公司及其中的大多数船岸人员，可以说是一种全新的安全管理模式，在运行初期普遍反映不习惯、不适应。主要存在的问题是：
主观上的不认识不到位。因为在运行处期没有亲身体验和亲眼目睹SMS给公司的安全管理带来的好处，总觉得这种吃力不讨好较为繁锁的东西不如我们传统的管理模式那么有效、简便。
做法上不习惯。我们原有的管理模式重在实干，疏于记录。而“记录”在SMS中却是不可或缺的一项。在运行初期，按SMS要求建立的一系列记录，不是建档不全，就是工作之时或之后忘了记录，要么就是记得不够规范。
体系的程序文件的要求不够熟悉。比如对体系内人员的培训，是怎样的一个过程，什么样的部门、什么样岗位需要进行什么样的培训、培训多长时间、培训达到什么样的程度才算符合体系的要求、培训要完善那些记录等等，不是这边少点、就是那边出了些问题。再比如对不符合情况的报告处理及纠正，因对其不了解不够通透，在对“不符合”的报告处理及纠正上总是闭环得不尽人意。要么主管部门没有证据性的反馈意见，要么船上没有文字性的处理记录，要么就是不符合的报告不合流程。