超声内镜（EUS）是将超声探头在内镜直视下到达靶器官进行近距离探查，从而避免了体表超声探查时遇空气等干扰的缺陷，此时靶器官的图像与结构更为清晰。EUS自1980年Dimagno和Green首次应用于临床，近20年来，随着器械的进步，目前已成为与CT、MRI同等重要的影像诊断工具。
EUS是腔内超声的一个组成部分，由于进入体内，因而超声探头甚小。常规的超声胃镜是将探头置于内镜端部，外有水囊，注入无气水后可直接探查，此类探头直径约10mm。另一类探头是从内镜活检钳道伸至靶器官，故直径为1.8～2.4mm，这种超声胃镜实际为超声探头（USP），又称经内镜超声微探头（TEMP），由于此类探头能进行诸如胆、胰管等小管道超声探查，故又称管腔内超声（IDUS），常规EUS超声频率通常为7.5～12MHz，主要用于消化道（如胃、结肠）及邻近脏器（如胆、胰、纵隔、腹腔淋巴结等）的检查，USP的超声频率为12～30MHz，因而分辨率极高，主要用于表浅病变及小管道（如胆管等）的超声检查。
按EUS应用范围，可将其分为超声胃镜（同时可查食管与十二指肠）、超声肠镜及超声腹腔镜等。按扫描方式可有二维的线阵式及扇形扫描式，晚近已有三维超声胃镜出现，为探查血管可用彩色多普勒超声内镜。常规EUS有2mm左右之活检钳道，必要时可通过它作活组织检查及作细针针吸活检（FNA.。EUS检查方法类同内镜检查，检查时向腔内注入无气水（灌注法）或向水囊内注水（水囊法）或两者相结合进行超声检查。超声内镜在消化道和胆胰疾病的诊疗中应用：特别适于黏膜下（或腔外）病变及胰腺疾病的诊断；消化道癌肿的分期诊断。