（1）依据不同。质量监督机构是接受建设行政主管部门的委托，负责监督工程质量的中介组织，对建设工程质量的监督有强制性。而工程师是根据监理合同的约定对施工合同进行质量管理的，是受发包人委托进行的，其管理的依据是合同。
（2）范围不同。质量监督机构不仅对工程的质量进行监督，还对工程参建各方主体质量行为的监督；对实体质量监督以抽查方式为主，并辅以科学的检测手段。工程师对施工合同的管理限于合同的约定，仅仅对工程质量本身进行控制，但其质量检查内容和控制手段则比质量监督机构丰富。
（3）后果不同。质量监督机构监督是一种强制性手段，如果不合格，则工程参建各方主体需要承担相应的行政责任。而工程师是依据合同进行管理的，因此，如果不合格，责任方则承担相应的民事责任，工程师无权进行行政处理。