人类乳头瘤病毒（HPV）的实验室检查方法主要有醋酸白试验、免疫组织学检查、组织化学检查和基因诊断。
醋酸白试验是用3％～5％的醋酸外涂疣体2～5分钟，病灶部位变白稍隆起；肛门病损可能需要15分钟。这项试验的原理是蛋白质与酸凝固变白的结果，HPV感染细胞产生的角蛋白与正常的未感染上皮细胞产生的不同，只有前者才能被醋酸脱色。醋酸白试验检测HPV的敏感性很高。美国疾病控制中心提示，醋酸白试验并不是特异试验，且假阳性较为常见。
免疫组织学检查常用过氧化物酶抗过氧化物酶方法（即PAP）显示湿疣内的病毒蛋白，以证明疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时，生殖器疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。
组织化学检查是取少量病损组织制成涂片，用特异抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色。如病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合。在过氧化物酶抗过氧化物酶（PAP）方法中，核可被染成红色。这个方法的特异性强且较迅速。对诊断有帮助。
HPV难于用传统的病毒培养及血清学技术进行检测，因此，迄今为止主要的实验室诊断技术是核酸杂交。PCR方法具有特异、敏感、简便、快速等优点。