生殖器癌与HPV类型有一定的关系。利用D.NA杂交技术发现，生殖器癌组织中存在HPV-6、ll、16、18型等。
（1）宫颈癌。对HPV与宫颈癌关系的研究表明，可将其分为两大类型：低危型主要指HPV-6、1l型，高危型是指HPV-16、18型。在侵袭性官颈癌中，有57.4％的患者存在着HPV-16、18型，还曾从侵袭性官颈癌中分离出HPV-33和35型。
（2）皮肤鳞状细胞癌（SCC）。HPV是女阴、阴茎及肛门生殖器皮肤鳞状细胞癌的重要因素。
（3）鲍温样丘疹病：常见于阴茎、女阴或肛门周围，曾在皮损内发现HPV-16型。