过滤速度与菌种、发酵条件（培养基组成、未用完培养基数量、削泡剂、发酵周期等）有关。
（1）菌种：对过滤速率影响很大。真菌菌丝粗大，重力比阻小，发酵液容易过滤，常不需特殊处理；放线菌菌丝细而有分叉，交织成网状，重力比阻较大，过滤较困难，一般需经预处理来凝固蛋白等胶体；细菌菌体更小，过滤十分困难，必须预处理后才能过滤。
（2）培养基组成：对过滤速率影响也很大。用黄豆粉、花生粉作氮源、淀粉作碳源会使过滤困难；发酵后期加入削泡剂或剩余大量未用完培养基，也会使过滤困难。
（3）正确选择发酵终了时间，在菌丝自溶前必须放罐，当细胞自溶后分解产物过滤困难。