（1）肛门旁流脓液：脓液量与肛瘘病程长短、瘘道数量、位置高低以及内口大小有关。（2）肛周疼痛：若肛瘘引流不畅，可出现局部肿痛，若感染加剧可形成"瘘管性脓肿"，可出现局部红、肿、热、痛，或伴恶寒、发热等全身症状。
（3）肛周瘙痒：由于肛瘘外口分泌物刺激，可引起肛周皮肤瘙痒，有时还会继发肛门湿疹等皮肤病，长期刺激可致皮肤增厚，呈苔藓样变。
（4）排便不畅：部分复杂性肛瘘，因慢性炎症刺激引起肛管直肠环纤维化或瘘管围绕肛管形成半环状纤维组织增生，影响肛门括约肌舒缩而排便不畅。
（5）全身症状：肛瘘急性期可有恶寒、发热，结核性肛瘘、克罗恩病肛瘘可出现午后潮热、盗汗、消瘦等消耗症状或腹泻、腹痛等肠道表现。
（6）体征：肛门周围一般有外口，局部肉芽增生，有渗出物溢出，指诊可扪及皮下向肛管或直肠内延伸的索状物，可在肛管或直肠壁扪及硬结，通过双叶肛镜，探针，染色等法可明确内口位置。