我国目前常用1975年全国首届肛肠学术会议制定的统一分类标准，以外括约肌深部画线为标志，瘘管经过此线以上为高位，在此线以下为低位，其分类如下：
（1）低位单纯性肛瘘：只有1条瘘道，在外括约肌深部以下，内口在肛窦附近。
（2）低位复杂性肛瘘：瘘管在外括约肌深部以下，有两个以上外口，或两条以上管道，内口在肛窦部位。
（3）高位单纯性肛瘘：仅有一条瘘道，管道穿过外括约肌深部以上，内口大多在肛窦部位。
（4）高位复杂性肛瘘：有两个以上外口及管道，有分支瘘道，其主管道通过外括约肌深部以上，有1个或两个以上内口，内口大多位于肛窦部位。