考查中外合作企业设立制度。A选项的说法正确，B选项的说法不正确。法律依据为《中外合作经营企业法实施细则》第10条的规定，合作企业协议、章程的内容与合作企业合同不一致的，以合作企业合同为准。合作各方可以不订立合作企业协议。根据该条规定，合作企业协议、合作企业合同和合作企业章程三者中，合作企业合同的效力最高，所以B选项的说法不正确。合作企业协议不是设立合作企业的必备文件，所以A选项的说法正确。C、D选项的说法正确。法律依据为《中外合作经营企业法实施细则》第11条规定，合作企业协议、合同、章程自审查批准机关颁发批准证书之日起生效。在合作期限内，合作企业协议、合同、章程有重大变更的，须经审查批准机关批准。