胃黏膜表面有许多纵行皱襞，充盈时皱襞几乎消失。还有许多浅沟，将黏膜分成许多胃小区。黏膜表面的上皮下陷，形成胃小凹，每个小凹的底部有胃腺开口。上皮为单层柱状，除少量内分泌细胞外，主要由表面黏液细胞组成。该细胞呈柱状，在顶部胞质内充满黏原颗粒，在HE染色标本上着色浅，呈透明状。
上皮下为固有层，其中网状纤维较多，并含有较多免疫细胞、散在的平滑肌和大量的胃腺。胃腺包括胃底腺、贲门腺和幽门腺。贲门腺和幽门腺均为黏液腺。胃底腺分布于胃底及胃体处，为分支的管状腺。胃底腺由壁细胞、主细胞、颈黏液细胞、干细胞和内分泌细胞组成。黏膜肌层为内环、外纵两层平滑肌。