木材一个严重缺陷就是腐朽。木材处于腐蚀条件下，3-5年就可以破坏。如处理好也可以在很长时间内不腐朽，如中国古代遗留下来之千年以上木结构建筑就是证明。引起木材腐朽之原因，是木腐菌（一种最低级植物）之侵害。
木腐菌繁殖条件：
（1）水分，木腐菌分泌酵素以水为媒介，把木质本身分解为糖作营养，木材含水率在30%-50%时最为腐朽；
（2）有空气；
（3）适宜的温度10-30℃。例完全泡在水中木桩，含水率超过100%，故极易腐朽，使木材变性，失去其物理特性。
木材最主要之防腐办法便是降低含水率，一般含水率18%以下木腐菌便无法繁殖。同时，要使木材处通风场所，避免受潮，若通风不好，空气相同湿度保持在80-100%，木腐菌即可生长。对于直接受潮木制品要用防腐剂涂制或浸泡，防腐剂有毒性，使木腐菌不能繁殖生存。最常用防腐剂有煤焦油（俗称臭油，炼焦之副产品），或3%之氟化钠水溶液。