内异症的治疗针对疾病的特性（疼痛、病灶及不孕）给予适当的治疗。可采用药物或（和）手术治疗（保守性或根治性）。除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性手术均有相当高的复发或持续存在率。因此，应根据患者的年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求选择个体化治疗。基本原则：症状轻者选择期待治疗；有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情较重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变严重的无生育要求患者可行根治性手术。