酶的辅助因子包括：金属离子和辅酶，辅酶又分为辅基和辅底物。金属离子和酶结合，形成金属酶，例如，细胞内含量最多的K＋能激活许多酶，就是通过和酶结合，从而引起酶分子构象变化，使之变为更有活性的形式。辅酶是有机化合物，往往是维生素或维生素的衍生物。在没有酶存在的情况下，它们也能起到催化剂的作用。与酶结合紧密的称为辅基，而结合较为疏松的称为辅底物。常见的辅酶有：辅酶Ⅰ（NAD+）、辅酶Ⅱ（NADP+），是由维生素烟酰胺或烟酸衍生而成，与酶结合疏松；FMN和FAD是氧化/还原反应的辅基；还有参与磷酸转移反应的辅酶ADP；参与共价催化作用的TPP等。