稳定蛋白质三维结构的作用力主要是一些所谓弱的相互作用或称非共价键或次级键，包括氢键、范德华力、疏水作用和盐键（离子键）、共价二硫键。氢键、疏水效应、离子作用力和范德华力等非共价键因素和二硫键决定了蛋白质四级结构的稳定性。
globularprotein，多肽链能够折叠，使分子外形成为球状的蛋白质。一类蛋白质，其多肽链所盘绕的立体结构为不同程度的球状分子，多肽链是通过链内的次级键，如氢键、盐键、二硫键、疏水作用和范德华力来维系其空间结构的。球状蛋白质有多种多样的生物功能，它不溶于水，而溶于稀的中性盐溶液中，如中性盐浓度过高，即从溶液中析出.这种现象称为盐析。加热也能使之沉淀或凝固.血清球蛋白、乳球蛋白等均属球状蛋白质。分子对称，外形接近球状，溶解度好，能结晶，大多数蛋白质属此类。
球状蛋白质中，氨基酸Leu，Val，Ile，Met，Phe，Tyr，Cys，Trp（疏性氨基酸，H）比较容易形成远程紧密接触对，因而容易出现在内部，氨基酸Glu，Gln，Asp，Asn，Lys，Ser，Arg，Pro（亲水氨基酸，P）比较难形成远程紧密接触对，易出现在外部，而氨基酸Ala，Gly，Thr，His（中性氨基酸，N）在形成远程紧密接触对时能力一般，均匀的分布在内部和外部。它们平均每个氨基酸可形成6.03，3.64和4.43个远程紧密接触对，同时它们在形成近程紧密接触对时能力非常接近，平均每个氨基酸可形成的近程紧密接触对数目在2.34～2.85变化，差别非常小。亲水氨基酸（P），中性氨基酸（N）和疏水性氨基酸（H）在蛋白质分子结构稳定性上起着不同的作用。