清政府仍然执行中国封建社会传统的“重本抑末”的政策，对新发展起来的手工业、商业、商业性的农业，都课以重税，在各地设立重重关卡，对商品任意的收税，压抑了这些萌芽进一步的发展。
清政府实行闭关政策，使中国在国际上长期处于自我封闭的状态，几乎割断了中国经济与世界市场的联系，严重地影响了资本主义萌芽的发展和社会的进步。
同时在地主的残酷剥削下，农民极端贫困，无力从市场上购买手工业品，从而使农业和家庭手工业的结合更加牢固，而地主和商人剥削来的钱财，又主要用于购买土地，很少投入手工业中，也影响手工业的扩大再生产。