与前朝相比，清代君主集权的发展表现在：
1、进一步尊君卑臣，君臣关系主奴化。明大臣四拜或五拜，清大臣始有三跪九叩之礼。明大臣可以侍坐，清大臣则奏对无不跪。明帝对六曹答诏皆称“卿”，清则称“尔”。清满族大臣对皇帝奏摺，多自称“奴才”，后影响到许多汉臣亦如此。
2、顺治时继承明朝的内阁制和六部制，但有两点不同：一是在长官任用上实行满汉复职制。改顺治时的满尊汉卑为满汉一体，令复职制走向平衡，借此拉拢汉族官吏。二是改革议政王大臣会议，这是满民族制的延续，显示出清前期制度有明显的满族贵族色彩，以贵族特权来剥夺内阁权力。顺治亲政后削弱该会议权力，由皇帝掌握正黄、镶黄、正白旗，并下令贝勒不得领有各旗。康熙即位后设立南书房，从翰林中挑选有才干者为皇帝起草机密文件，处理机密事务，架空议政王大臣会议。康熙末年进一步削弱八旗权力，让自己的皇子去抢夺八旗，由皇帝派出的固山额真掌管旗务。
3、秘密奏折制度。康熙中叶，康熙皇帝允许一些亲信官员用奏折报告机密事件，官员由皇帝发给折匣，皇帝与官员本人各掌握一把钥匙，官员奏折派遣专人投送京师，不经过通政使司、内阁，直达皇帝。皇帝的批示，用硃笔写于奏折上面，发还官员本人执行。雍正以后，密折应用的范围扩大，许多官员都获得了使用密折的权力。密折逐渐成为清最重要的官文书。密折具有密、速、详的特点。通过密折制度，清代皇帝不仅能够多渠道地了解下情，对官僚机构的控制也大为强化。
4、雍正时期君主专制强化达到一个高峰。下令八旗旗主贝勒只能管理自己的包衣，得到俸饷，彻底剥夺旗主管理旗务的权力。设立军机处，由军纪大臣和军机章京组成。军机处并非清官制中的正式衙门，后来大学士不兼军机大臣就无实权，沿续南书房的权力范围，拟诏绕过内阁的票拟，成为最有权力的机构。军机处是皇帝的私人办事机构，具有很强的奴仆性，宰相制残余被彻底清除。
5、康熙后期，诸皇子争储。雍正即位后，总结教训，宣布秘密立储，皇帝在位时即秘密决定继承人，将立储诏书置于寝宫乾清宫“正大光明”匾之后，皇帝临死或死后由大臣开启宣布。乾隆三十八年，将秘密立储制制度化。秘密立储制度，摆脱了“嫡长”观念的束缚，避免了皇子间的公开争斗，排除了其他势力对皇位继承的干扰，维护了皇族内部的政治稳定。
6、弘历时君主专制达到最高峰。前几任皇帝为其大好基础，很多政策，如取消议政王大臣会议等，水到渠成。
7、通过吸取明中后期教训，清前期皇帝努力做到“乾纲独揽”，强调“勤政”，清初下令严禁“朋党”和“结党营私”，规定宦官不得有衙门，祖制规定宦官干政和结识官员要凌迟处死，不得出京，严防宦官专权。
清朝君主专制的特点是满汉杂糅，在明朝君主专制基础上进一步强化皇权，而且是伴随着不断削弱满八旗贵族势力进行的。