（1）干热灭菌法加热可以破坏蛋白质与核酸中的氢键，导致蛋白质变性或凝固，核酸破坏，酶失去活性，使微生物死亡。干热灭菌法是利用火焰或干热空气进行灭菌的方法。
（2）湿热灭菌法湿热灭菌法是在饱和蒸气或沸水或流通蒸气中进行灭菌的方法。由于蒸气潜热大，穿透力强，容易使蛋白质变性或凝固，所以灭菌效率比干热灭菌法高。
（3）射线灭菌法
①辐射灭菌法以放射同位素（Co或Cs）放射的γ射线杀菌的方法。射线可使有机化合物的分子直接发生电离，产生破坏正常代谢的自由基，导致微生物体内的大分子化合物分解。辐射灭菌的特点是不升高灭菌产品的温度，穿透力强，适合于不耐热药物的灭菌，现已成功应用于维生素类、抗生素、激素、肝素、羊肠线、重要制剂、医疗器械、高分子材料等物质的灭菌。
②紫外线灭菌法是指用紫外线照射杀灭微生物的方法。一般用于灭菌的紫外线波长200－300nm，灭菌力最强的波长是254nm。紫外线作用于核酸蛋白促使其变性，同时空气受紫外线照射后产生微量臭氧，从而起到共同杀菌作用。
③微波灭菌法用微波照射而产生的热杀灭微生物的方法。
（4）用滤过方法除去活的或死的微生物的方法，是一种机械除菌的方法。这种机械叫除菌滤过器。主要适用于对热不稳定的药物溶液、气体、水等的灭菌。