1、温度：温度对药用菌发育的影响，其实质是温度决定酶的活性，从而影响到药用菌的代谢。孢子萌发＞菌丝体生长＞子实体发育
2、水分和湿度：
（一）药用菌生长发育的水分条件药用菌的含水量：药用菌的菌丝体含水量一般达70%-80%，子实体的含水量一般达80-90%，有时甚至可达90%以上。
（二）营养菌丝阶段栽培基质的含水量，栽培药用菌的培养料水分含量应在60%－65%。在制作菌种时，培养基不宜过湿，如果手握测试，以紧握培养料手上有水纹，但没有滴水为佳，料水比一般在1：1.2－1.3左右。（三）子实体分化发育阶段的空气相对湿度，空气相对湿度的变化，是子实体发生、发育及质量优劣的重要因素。一般情况下，子实体形成时期要求的空气相对湿度比菌丝体生长阶段要高。
3、空气中氧和二氧化碳药用菌是好气性菌类，在生长发育过程中，不断吸进O2呼出CO2。空气中O2的含量为21%，CO2含量为0.03%。一般菇房中CO2含量是大于0.03%的。不同的药用菌种类，对CO2的忍耐浓度是不同的。对于多数药用菌，在CO2浓度大于0.1%时，会产生毒害作用，会出畸形、不分化甚至死亡。在药用菌生产中，通风换气是至关重要的。菌丝体生长阶段此阶段，一般对高浓度的CO2较为敏感。子实体分化发育阶段，药用菌子实体分化，即营养生长转入生殖生长时期，对氧的需求量略低。低浓度的CO2浓度（0.034-0.1%）的二氧化碳能诱导子实体原基形成。但子实体原基形成后，栽培场所必须有足够的新鲜空气。
4、光线对药用菌生长发育的影响，药用菌不能进行光合作用，另外阳光中的紫外线具有杀菌作用对菌丝体亦有杀伤作用因此一般不需要直射光照。药用菌在菌丝体生长阶段不需要光线，但绝大部分药用菌在子实体发育阶段尚需一定量的散射光线。子实体原基发育的初期，菌柄首先分化，在黑暗条件下，显著徒长并有趋光性。菌柄伸出后，要给予光照诱发菌盖的形成，促进菌盖成熟以利弹放孢子。