有效地进行物流成本核算，加强物流成本管理，是现代物流管理的一个重要内容。在现阶段，物流成本核算与应用中还存在着一些问题，这些问题阻碍了物流管理水平的提高，具体包括：
（1）物流成本核算的目的不明确计算物流成本的目的，只是单纯地想了解物流费用，还没有达到如何充分有效利用物流成本的阶段。因此，物流负责部门和会计部门花费很大精力计算物流成本，其用途却相对较小，使得人们对物流成本计算的积极性不高。
（2）物流成本的会计核算方法不明确在当前我国的会计核算制度中，没有明确物流成本的概念及其核算方法。因此，企业没有切实掌握物流成本，尤其是没有切实掌握公司内部的物流费用。在企业内部对于物流成本不甚了解，对于物流成本是什么都十分模糊。弄不清物流成本与制造成本，物流成本与促销费用的关系。另外，物流成本中，还有物流部门根本无法控制的成本。
（3）物流成本核算与管理没有超出财务会计的范围有的企业即使进行一些物流成本的分解，但往往还停留在财务会计对物流成本进行核算与反映的层次上，没有充分利用管理会计中的有关方法对物流成本进行归集分配，并运用到成本控制、预算管理、绩效考核、经营决策等领域中，这使得物流成本的核算不能与其有效地利用结合起来。
（4）物流成本核算的标准不统一由于没有统一的物流成本标准，使得物流部门向高层管理人员报告的物流成本往往只是"冰山一角"，而没有向他们或生产、销售部门提供有关物流成本的确切的有价值的资料。同时，各个企业计算物流成本的范围本不相同，可是有的企业却偏偏要做对比，并因此而时喜时忧。
（5）缺乏懂得物流知识的财务会计与管理会计人员尽管国内财务会计和管理会计人员的水平在不断提高，但是，由于正规财务会计与管理会计教育中没有相关物流及物流成本的知识，使得在职的会计人员没有物流成本核算与控制的概念，这是当前我国物流成本的核算与运用中面临的最主要问题之一。加强会计人员对基本物流知识以及物流成本知识的培训是解决我国当前物流成本管理落后状况的一项有效策略。