（1）其他原因引起的AFP增高：AFP上升可见于生殖腺胚胎瘤、少数转移性肿瘤（如胃癌肝转移）以及肝炎、肝硬化患者和孕妇等，但升高幅度不如肝癌明显。慢性活动性肝炎和肝硬化病例有20%～40%的AFF呈低度（+），多不超过200μmol/L，常伴有血清ALT升高，若AFP和ALT动态曲线平行或同步长高，或ALT持续升高至正常数倍，则活动性肝病可能性大。若二者曲线分离，AFP升高而ALT正常或偏低，则应多考虑原发性肝癌。
（2）肝内其他占位性病变：肝血管瘤、多囊肝、棘球蚴病等可用CT、MRI成像或超声帮助鉴别诊断。肝脓肿多有明显炎症的临床表现。继发性肝癌多能找到肝外原发灶。肝硬化病例若出现肝大、质硬的大结节，应考虑肝癌的可能性。