1影响粮食的种用品质。粮粒的胚部最易被微生物所侵染，当胚部生霉或受热到一定程度时，发芽力将会降低，最终丧失种用价值。所以，微生物的污染情况对贮藏后种粮的发芽率有重要影响。
2导致粮食变色和变味。粮食的色泽、气味、光洁度和口味是粮食新鲜程度的重要指标。从粮食的色泽和气味可了解霉变的发生及其程度。微生物的活动可以使粮食变色。许多微生物菌体或群落本身具有颜色，当它们存在于粮食籽粒内外部时，可使粮食呈现异常颜色。某些微生物的分泌物带有一定颜色，也会使粮食基质变色。
3导致粮食营养成分发生变化。粮食中的糖类是微生物生长繁殖的重要营养基质，粮食上的微生物特别是霉菌能分泌大量的水解酶，对糖类化合物进行水解，相应使粮食中淀粉含量降低、非还原糖减少及还原糖增加。这些物质被微生物进一步利用并转化为二氧化碳和水，最终使粮食的重量发生损耗。
4引起粮食带毒。粮食发热霉变时，粮粒上生长的大量真菌可以分泌真菌毒素使粮食带毒，有的微生物还能分解粮食有机成分而产生有毒物质。因此食用霉变粮食会对人体的健康造成不良影响，严重时可以诱发癌症甚至致死。
5粮食加工工艺品质的变化。粮食霉变以后，粮粒组织松散易碎，容重、千粒重和硬度等指标均有所下降，相应出米率、出粉率也显著降低。稻谷加工时碎米率增高；严重霉坏的稻谷谷粒手捻即碎。