（1）AFT强调的无套利均衡原则，其出发点是排除无套利均衡机会，若市场上出现非均衡机会，市场套利力量必然重建均衡，从而使得无套利均衡分析是现代金融学的基本研究方法，为金融资产定价提供了一种基本思想；而CAPM是典型的风险-收益均衡关系主导的市场均衡，是市场上众多投资者行为结果均衡的结果，这是两者根本的区别。（2）CAPM是建立在一系列假设之上的非常理想化的模型，这些假设包括马柯维茨建立的均值-方差模型时所作的假设。这其中最关键的假设是，所有投资者的无差异曲线建立在证券组合回报率的期望和标准差之上。相对CAPM，APT的前提假设则简单得多，从而使得APT不但大大减少了CAPM有效前沿的计算量，而且使APT更符合金融市场运行的实际。（3）CAPM仅考虑来自市场的风险，强调证券的风险时用某一证券的相对市场组合的β系数来解释，这只能告诉投资者风险的大小，但无法告诉投资者风险来自何处。而APT不仅考虑了市场本身的风险，而且考虑了市场之外的风险，尤其是多因素套利定价理论考虑证券收益受到多个因素的影响，这对证券收益率的解释性较强。由于这一原因，尽管APT在内涵和应用方面均有很大的吸引力，但在理论严密上却相对不足。因此，APT并不能取代CAPM，而被认为是对CAPM的一种补充和修正。（4）APT强调无套利原则，这种无套利均衡定价是通过充分分散化的投资组合的分析而得到的，对单项资产的定价结论并不一定成立。由此，尽管组合中单个资产定价失衡，但对整个资产组合而言由于失衡的相互抵消而并未失衡。而根据CAPM强调的市场均衡原则，当单项资产在市场上失衡时，在CAPM条件下所有的投资者都会同时调整自己的投资头寸以重建均衡。（5）CAPM假定了投资者对待风险的类型，即属于风险规避型的投资者；而APT未对投资者的风险偏好做出规定，因此套利定价理论的适应性大大增强。