肌萎缩侧索硬化需要与下列疾病进行鉴别：（1）脊髓型颈椎病：系颈椎骨质、椎间盘或关节退行性改变，造成相应部位脊髓受压，伴或不伴神经根受压的一种脊髓病变。进展较缓慢，易有疼痛、麻木等感觉障碍。无舌肌萎缩和束颤，下颌反射不活跃，无球麻痹。胸锁乳突肌肌电图正常，可行颈髓MRI进行鉴别。（2）伴传导阻滞的多灶性运动神经病：一种以手部小肌肉无痛性、不对称性无力、萎缩起病，呈缓慢进展的疾病。中青年起病（小于45岁），可伴有束颤、逐渐波及前臂与上臂，少数患者可有舌肌受累，腱反射可活跃，肌电图检查可见周围神经节段性、多灶性运动神经传导阻滞，纤颤电位和散布束颤电位。50%～60%患者血中抗神经节苷脂抗体滴度升高，免疫抑制剂或免疫球蛋白治疗效果好。（3）脊肌萎缩症：是一种遗传性疾病，通常发生在婴儿、儿童或青少年，其病理特征是脊髓前角细胞变性，临床主要表现为肌肉局限性、进行性无力、肌萎缩和肌束颤动。（4）脊髓空洞症：典型患者有节段性分离性感觉障碍，伴有肌肉萎缩及括约肌功能障碍。颈部MRI检查可明确诊断。