日本血吸虫的生活史包括卵、毛蚴、母胞蚴、子胞蚴、尾蚴、童虫、成虫等阶段。终宿主为人或其他哺乳动物（牛、猪、犬）等，中间宿主为湖北钉螺。
成虫寄生于人或其他哺乳动物的门脉-肠系膜静脉系统，雌虫产卵于肠系膜下层静脉末梢内，部分虫卵经肠壁进入肠腔，随粪便排出体外。
虫卵随粪便入水，卵内毛蚴在水中孵出，毛蚴侵入钉螺体内进行无性生殖。经母胞蚴、子胞蚴最终发育成尾蚴。成熟的尾蚴从螺体逸出入水，在水体遇到终宿主经皮肤钻入终宿主体内，脱去尾部转化为童虫。童虫在静脉或淋巴管内经血流或淋巴液到右心、肺、左心，运送到全身。童虫可经胃动脉和肠系膜上、下动脉钻入小静脉随血流到肝内门静脉，在此停留、发育，最后移行到肠系膜静脉发育成熟，雌雄合抱交配产卵。