目前财政性资金的缴库和拨付方式是通过征收机关和预算单位多重设立账户分散进行的。存在的主要弊端：一是重复和分散设置账户，财政性资金由各部门和预算单位分散掌握和安排，财政资金活动透明度不高，造成在支出活动没有实际发生之前大量资金长时间滞留在部门和单位，一方面大量资金闲置，降低了财政资金的使用效率，另一方面政府难以集中财力办大事，该办的事情不能集中财力予以支持。同时也增大了管理难度，容易造成挤占、挪用，甚至产生腐败现象。二是财政收支活动信息反馈迟缓，财务会计信息失真现象较为普遍，难以及时为预算编制、执行和宏观经济调控提供准确依据，严重地影响政府对财政经济运行的把握和调控。三是在传统收付制度下，财政部门资金使用状况的监督主要采取事后监督的方式，难以实现事前有效的监控，从而容易产生截留、挤占、挪用资金甚至产生私设“小金库”等违法、违纪、违规行为。
因此，必须对现行财政管理制度进行改革，逐步建立和完善以国库单一账户体系为基础，资金缴拨以国库收付为主要形式的财政国库管理制度。