优点：生长在斜面上的菌体，在4℃下可保藏3~6个月。试管常用棉塞封口，易于保藏。培养皿有配对的玻璃上盖，既阻止了杂菌的进入，又易于观察。霉菌等微生物能在静止的液体培养基表面形成一层菌膜，其代谢产物或扩散到培养基中，或仍留在细胞内，或兼而有之。表面培养法操作简便，设备简单，常用于实验室小规模培养，并且可用于厌氧微生物的培养。
缺点：
（1）用于大规模生产的潜力很小；
（2）不便于对体系进行监测控制；
（3）不易于保持体系内环境条件的均一。
液体培养法优点：在液体培养基中，菌体在液体培养基中处于悬浮状态，导入培养基中的空气中通过气-液界面传质进入液相，在扩散进入细胞内部。易获得混合均匀的菌体悬浮液；可放大到工业规模；具有进行通气培养、振荡培养。
缺点就是容易被霉菌污染。