农业政策目标是一个系统，它是若干具体目标的集合。农业政策目标往往不是单一的，而是多个目标的有机组合。所谓农业政策目标的整体协调性，是指多个目标之间要一致，不能相互矛盾，或在执行中相互牵制。一般说来，农业政策目标与目标之间的关系有以下三种：
1.相互依存关系，即某一目标的实现有赖于另一个或另一些目标的实现。认识农业政策目标之间的相互依存关系，可将影响农业政策实施的各种因素罗列出来，通过逐一的逻辑分析，建立一个全面系统的目标体系。
2.相互促进关系，即一个农业政策目标的实现有助于促进另一个目标的实现。通过系统考察目标之间的相互促进关系来拟定配套的农业政策方案，有助于实现农业政策体系的整体优化，使各个政策目标之间产生正向效应。
3.相互冲突关系，即农业政策目标相互冲突，甲目标的实现有碍于乙目标或丙目标的实现。如果农业政策目标之间相互矛盾或冲突，作用相互抵消，就会产生负向效应。