（1）真核生物基因中的非编码序列包括内含子、顺式作用元件以及大量的重复序列。
（2）内含子将编码区隔断，可以通过转录后选择性剪接产生功能不同而结构仅有微小差别的RNA或蛋白质，丰富遗传信息的容量。此外，内含子对基因表达调控也有一定作用。
（3）顺式作用元件包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和反应元件等，决定基因表达的时空性。它们通过与RNA聚合酶以及一些转录因子相互作用，来激活或者抑制基因转录活性。
（4）高度重复序列和中度重复序列大多属于非编码区，与复制调控、基因表达调控相关。