高度重复序列在真核生物基因组中较为常见。其功能主要有：
①参与复制水平的调节。②参与基因表达的调控。重复序列可以转录到hnRNA分子中，免遭降解有重要作用。③参与转位作用。几乎所有的转位因子的末端都包含反向重复序列。这种重复序列可以形成回文结构，故在转位中即能连接非同源性的基因，又可以被参与转位的特异酶所识别。④与进化作用有关。不同种属的高度重复序列不同，具有种属特异性。⑤与个体特征有关。同一种属中不同的个体的高度重复序列的重复次数不一样，这可以作为每个个体特征有关。⑥与染色体减数分裂时染色体配体有关。