无菌管理的内容主要有三方面：
①生产过程的微生物控制：
a.糖化发酵过程设备管路的清洗、杀菌；
b.酵母扩培必须实现无菌；
c.过滤过程的无菌控制，保证清酒液不受污染；
d.洗瓶过程的无菌控制；
e.灌装过程的无菌控制，不发生二次污染；
f.压缩空气、CO2、N2气、无菌水的无菌控制；
g.包装物料无菌控制，不使包装物带来二次污染；
h.环境卫生洁净度的控制。
②生产过程的微生物检测：对整个制造过程制订出合理的取样点、检测项目、控制目标和检测频次的详细操作规程。
③操作人员的无菌素质和教育，要对操作人员进行无菌操作知识的培训教育，建立个人卫生规范。