（1）人力资源的市场主体地位未完全确立。在市场经济条件下，人力资源供给方即劳动者应该成为自己劳动力的主人，可以自由支配自己的劳动力，在择业问题上，应有自主权。人力资源需求方也能够根据自身工作需要自主决定雇佣方案。但我国目前旧体制尚未未完全打破，新体制没有完全建立，许多因素影响着劳动者和用人单位的市场主体地位的确立。人才单位所有、部门所有情况比较普遍，部门分割、地区封锁，妨碍了人力资源的自由流动。从公共部门情况来看，这一点尤为突出。由于我国公共部门仍实行的是高度集中人事管理体制，人力资源流动只是单纯的组织行为，用人单位及劳动者个人缺乏自主权，处在被的从属地位，既缺乏流动的动力，也缺乏流动的渠道人力资源供求的市场主体地位的缺失，是目前影响公共部门人力资源流动的最重要因素。
（2）市场法规和社会保障制度不健全。改革开放以来，我国人力资源市场机制和公共部门社会保障制度建设取得了明显进展，但与人力资源市场配置改革的现状与要求相比，显然是不大适应，甚至出现市场上劳动力无序流动和不正当竞争等不正常情况，严重影响了市场的良性运作和功能的发挥。人力资源的流动，不同于一般商品的流动，不仅事关劳动者的工资报酬，而且还涉及到劳动者的劳动环境、工作条件、失业后生活维持、年老后生活保障等一系列经济社会问题。特别是在与劳动力交流相配套的失业救济、社会保障、养老保险及医疗、工伤、住房等保障体系建设方面，存在规章不健全，落实不到位，渠道不畅通、体系不合理等问题。同时，就业权利、劳动报酬、劳动保护及人事、劳动争议仲裁等相关制度法规及措施不十分明确和完善，从而制约了人力资源配套市场化的进程。
（3）户籍制度改革滞后。在世界各国，城乡分治只涉及行政建制与辖区划分，而与居民的身份无关。居住在什么地方，并不存在行政上的身份管制或迁徙壁垒。而我国目前的户籍制度作为我国行政管理的基本制度，具有维护社会秩序、保护公民的权利和利益、服务于社会主义建设的功能，并与医疗制度、就业制度、住房制度、养老保险制度、教育制度等密切相关，不同户籍享受截然不同的社会待遇。面对越来越开放、复杂经济社会发展状况，传统的封闭、层层审批、面面俱到的户籍制度，人为地将公民划分为不同的身份等级，严重地阻碍了人力资源的正常流动。
（4）官本位思想的影响。官本位是封建官僚政治的产物，中国传统社会是以高度集权和等级森严为标志的封建官僚政治体制，官僚政治是一种特权政治，权力成为人们价值取向的唯一标准。官僚政治所产生的官本位制，其主要特征是封建等级制，社会成员之间尊卑贵贱界限分明，整个社会以官为尊，以官职大小决定社会地位的高低。每个官员都分别按官职享受一定的特权，获得优于平民的种种待遇。在官本位制度下，如同货币制度中的“金本位”、“银本位”下的金银成为衡量一切商品尺度一样，官僚成了衡量一切社会成员的价值尺度。建国以来，我们虽然扫除了封建制度，但官本位的思想仍有相当大的影响，整个社会成员将官仍看得过重，官重民轻、官主民仆、官大理多、当官发财等思想仍有相当的市场。在这样的情况下，以政府官员为重点的公共部门人员不愿意放弃铁饭碗，放弃附着于官位上的特权和尊重，流动到非政府部门，结果导致政府与非政府部门之间人力资源流动的困难。