酵母菌是单细胞真核微生物。细胞的形态通常有球形、卵圆形、腊肠形、椭圆形、柠檬形等。比细菌的单细胞个体要大10倍，一般为2.5~5微米×4.5~21微米。酵母菌无鞭毛，不能游动。
酵母菌的细胞结构与细菌类似，也有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、荚膜、菌毛等，但它还有液泡、线粒体（线粒体是酵母菌的呼吸器官，它有双层膜结构，内膜向内卷曲折叠成嵴状，其上有许多呼吸酶，所以只有需氧酵母菌才有线粒体）、微体、内质网（酵母菌的内质网上存在核糖体，核糖体能合成菌体的蛋白质）、类脂颗粒和异染粒等结构。