特别行政区行政长官的法律地位，既不同于中国内地省、自治区、直辖市面上的行政首长，也不同于特别行政区建立之前的总督，其法律地位具有双重性质，《基本法》用不同的法律条款规定了行政长官的法律地位：一是规定“特别行政长官是特别行政区政府的首长”，二是又规定“特别行政区政府的首长是特别行政检行政长官”。因此特别行政长官具有双重身份，即行政长官兼政府首长，负有领导特别行政区及其政府的双重责任。
①作为特别行政区的行政长官，他是特别行政区的全权代表，对外代表特别行政区，因此他既要对中央人民政府又要对特别行政区负责。
②特别行政区行政长官另一个身份是特别行政区政府的首长，由他直接领导和指挥特别行政区政府，并通过政府全面负责整个特别行政区的工作。