与中央的要求相比，与重庆经济社会发展的需要相比，与其他先进省市党建工作的成绩相比，全市党的思想、组织、作风和制度建设还存在一些有待解决的问题，特别是党员干部的领导方式和领导水平同新形势新任务的要求还不完全适应。具体来说有：
（1）如何用“三个代表”重要思想统领党的建设全部工作，还需要在党的建设实践中探索更加有效的途径。
（2）干部队伍的整体素质与重庆改革和发展的实现要求之间，还存在较大的差距。
（3）需要不断提高地方党委的领导水平和执政能力。
（4）在经济和社会转型过程中，党风廉政和反腐败斗争面临的形势依然严峻。