应控制的运行参数为：
（1）进、出水水质：对原水进行预处理，控制其水质符合进水要求。
（2）压力和流量：压力过高流量过大易造成设备漏水和变形，流量过小可能引起极化结垢和悬浮物沉积。
（3）电流和电压：先确定工作电流在极限电流以下，然后控制电压在一定压力下运行。（4）倒极和酸洗。（5）水的回收率：为了降低水的排废率，提高回收率，浓、淡水应按规定的比值进行控制，或采用浓水循环，但要注意控制其浓缩倍率，以免产生沉淀，影响运行。
运行操作要点为：
（1）开机时先通水后通电，停机时先停电后停水，以免极化过度损坏设备。
（2）开机或停机时，要同时缓慢开启或关闭淡水和浓水阀门，以使膜两侧压力相等或接近。
（3）浓、淡水压力要稍高于极水压力，一般要高0.01—0.02MPa；淡水压力要稍高于浓水压力，一般要高0.01MPa。
（4）开、关阀门要缓慢，防止突然升压或降压致使膜堆变形。
（5）进电渗析器浓、淡水的压力不大于0.3MPa。
（6）电渗析器通电后膜上有电，应防止触电。在膜堆上禁放金属工具和杂物，防止短路损坏膜堆。