约20多万年前的江北“和县人”，已经能够使用天然火，其生产工具为旧石器和木棒。
南京地区目前已经发现了200处左右原始村落遗址，其中江宁区湖熟街道一带最为密集，故有“湖熟文化”之称。
公元前472年，在今南京城南长干里修筑了“越城”，至今已有2480多年历史。
楚威王曾在今南京龙湾山陵上埋金以镇东南“王气”，并设置金陵邑，从此南京有了最初的地名。
秦始皇巡游东南时，改金陵邑为秣陵县，使之为牧马场所，同时“凿钟阜，断金陵长陇以通流”，所开河道称作秦淮。
东吴孙权把政治中心由京口（今镇江）迁至秣陵（今南京秣陵关一带），在楚国金陵邑城址修建石头城，并取“建功立业”之意改称秣陵为建业。
为避东晋愍帝司马邺的名讳，公元313年改建邺为建康。此后，宋、齐、梁、陈相继定都建康，史称南朝。连同此前的东吴，把南京作为都城的有六个朝代，时间达360年之久，故南京有“六朝古都”之称。1368年，明太祖朱元璋称帝，改集庆路为应天府，后又改称南京，南京即得名于此时。
1911年10月10日，辛亥革命推翻了清王朝，成立南京临时政府。1927年，南京定为中华民国首都。