（1）低级中枢的部位不同。交感神经低级中枢位于脊髓胸腰部灰质的中间外侧核，副交感神经的低级中枢位于脑干副交感核和脊髓骶部的副交感核。
（2）周围神经节的位置不同。交感神经节位于脊柱两旁（椎旁节）和脊柱前方（椎前节），副交感神经节位于所支配的脏器附近（器官旁节）和器官壁内（器官内节）。因此副交感神经节前纤维比交感神经长，而节后纤维则较短。
（3）节前神经元与节后神经元的比例不同。一个交感神经节前神经元的轴突可与多个节后神经元形成突触，而一个副交感神经节前神经元的轴突则与较少的节后神经元形成突触。所以交感神经比副交感神经作用范围要广。
（4）分布范围不同。交感神经分布较广，除至头颈、胸、腹腔脏器外，尚遍及全身血管、腺体、竖毛肌。而副交感神经分布则不如交感神经广泛，大部分的血管、汗腺、竖毛肌、肾上腺髓质均无副交感神经。
（5）对同一器官所起作用不同。其作用互相拮抗又互相统一。