（1）保证菌种的纯粹性和活力，菌种经常进行纯化。
（2）三角瓶菌种的培养，无菌操作要严格，应保证培养好后无杂菌污染，以保证种曲质量。
（3）要求种曲质量高，菌丝健壮旺盛，发芽率高，繁殖力强，以便产生生长优势来抑制杂菌的侵入。
（4）蒸料要达到料熟，水分适当，疏松，灭菌彻底，冷却迅速，减少杂菌污染机会。
（5）加强制曲过程中的管理工作，均匀接种后，掌握好温度、湿度及通风条件，使环境适宜于米曲霉生长而控制杂菌的污染。
（6）保持曲室及工具设备的清洁卫生，以防感染杂菌。
（7）种曲和通风曲生产过程中添加冰醋酸可抑制杂菌的生长。