细菌基因重组主要有转化、转导和接合3种方式。
转化：供体菌的DNA直接被受体菌吸收，并被整合进受体菌的染色体，从而使受体菌获得供体菌的部分遗传性状。
转导：供体菌的DNA，通过一个载体被转入受体菌，从而使受体菌获得供体菌的部分遗传性状。
接合：细菌细胞间的基因重组必须通过细胞间的接触。转化是供体菌的DNA直接被受体菌吸收，没有任何载体参与；转导需要一个载体将供体菌的DNA转入受体菌；接合是供体菌必须与受体菌接触才能进行遗产物质的转移。