1.（1）本项目不具备工程施工总承包招标条件。
（2）理由:工程建设项目初步设计或工程招标设计或工程施工图设计已经完成，并经有关政府部门对立项、规划、用地、环境评估等进行审批、核准或备案，才能进行施工招标。本案例中，虽然项目可行性研究报告已获批准，但该项目初步设计图样正在审查中，尚未审查批准，不能立即启动招标程序。
2.招标公司的三条建议是否妥当及理由具体分析如下:
（1）招标公司的第（1）条建议不妥当。
理由:该项目为地方重点工程。根据《招标投标法》及其实施条例规定，国家重点项目、地方重点项目和国有资金占控股或者主导地位的依法必须进行招标的项目，除经批准可以采用邀请招标方式外，都应当实行公开招标。本案例中，项目未获得监管部门的批准，不得采用邀请招标。
（2）招标公司的第（2）条建议不妥当。
理由:《招标投标法实施条例》第二十九条规定，以暂估价形式包括在总承包范围内的工程、货物、服务属于依法必须进行招标的项目范围且达到国家规定规模标准的，应当依法进行招标。该条款中的暂估价，是指总承包招标时不能确定价格而由招标人在招标文件中暂时估定的工程、货物、服务的金额。本案中，以暂估价形式包括在总承包范围内的工程不能直接指定分包人，应该进行招标。
（3）招标公司的第（3）条建议妥当。
理由:根据《工程建设项目货物招标投标办法》规定，技术简单或技术规格、性能、制作工艺要求统一的货物，一般采用经评审的最低投标价法进行评标。技术复杂或技术规格、性能、制作工艺要求难以统一的货物，一般采用综合评估法进行评标。综合评估法综合考虑了各项投标因素，适用于施工技术难度较高的项目。
3.（1）项目法人直接委托招标公司不存在问题。
理由:项目法人与招标代理机构是一种委托与被委托的关系。招标人不具备自行组织招标的能力条件的，应当委托招标代理机构办理招标事宜。招标人应该根据招标项目的行业和专业类型、规模标准，自主选择具有相应资格的招标代理机构。
（2）该市建设行政主管部门不可以指定该市某招标中心为招标代理机构。
理由:建设行政主管部门只是对招标投标活动进行监督。按照国务院确定的职责分工，招投标过程中泄露保密资料、泄露标底、串通招标、串通投标、歧视排斥投标等违法活动的监督执法，分别由有关行业行政主管部门负责。